法律分析：建议双方当事人先通过协商自行解决争议，如果争议各方达成一致意见则协商成功，如果协商不成或者协商达成了协议而另一方又反悔，不履行协议，他方可以依照本条的规定提请乡（镇）人民政府等调解解决，人民政府收到争议案件后，一般是对当事人先进行调解，调解不成的进行行政裁决。其中人民政府的调解是依据事实和法律对当事人进行调停，促使争议各方当事人进行和解。如果调解不成或者当事人不愿意进行调解，人民政府则依法进行裁决。一般来讲，具体工作由土地行政主管部门承办，但作出处理决定须以人民政府的名义并出具处理决定书。该决定书须加盖人民政府处理土地所有权和使用权争议的专用章。当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院起诉。
一般而言，村土地确权有纠纷时，政府有具体的处理流程为：
（1）向县级以上人民政府土地管理部门或者乡级人民政府提出书面申请;
（2）双方当事人出示举证的材料和依据;
（3）工作人员现场调查材料和取证;
（4）组织双方当事人进行调解，制作书面调解书;
（5）调解未达成协议的，或者调节书送达前一方或者双方反悔的，土地管理部门及时提出处理意见，报人民政府错处处理决定。
法律依据：《中华人民共和国土地管理法》第十六条土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决;协商不成的，由人民政府处理。
单位之间的争议，由县级以上人民政府处理。个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。
当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院起诉。
在土地所有权和使用权争议解决前，任何一方不得改变土地利用现状。
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