当事人可以自行选择。民间鉴定机构主要由医学、法律院校设立，也有一些独立的社会鉴定机构。
行政鉴定机构主要是指医学会，是《医疗事故处理条例》这一行政法规指定的行政鉴定机构。
司法鉴定机构主要是法院依法设立的专门从事司法鉴定的机构。这种划分是以目前从事何种鉴定为主业为标准，民间检定机构及行政鉴定机构也可受法院委托从事司法鉴定。也有些司法鉴定机构办理非诉讼鉴定案件。
一、医疗纠纷鉴定要做哪些准备
医疗技术鉴定所依赖的材料主要是患者就诊时的病历，因此鉴定时保证病历的真实性非常重要。但病历由医疗机构保管，而鉴定专家又不会对病历的真实性提出任何鉴别。如何防止病历被伪造？惟一的办法就是纠纷发生后，及早复印病历，并对不能复印的主观病历（病程记录等）进行封存。但尽管这样仍无法防止医生在诊治过程中伪造病历，此时最好的办法就是在诉讼中对病历的真伪进行质证，只有在病历经质证以后才能提交鉴定，此时鉴定专家应当采用经质证后的病历。如果质证后，病历仍达不到鉴定要求，则被告应当承担举证不能的。当然对病历的质证非常专业，最好由精通医学的律师出任。
当医学会受理鉴定后，患者应当提供一份详尽的陈＊书。陈＊书应当用医学术语全面阐述医方在诊疗过程中违反医疗常规的过错，并指出相应依据。由于鉴定专家全部由医生出任，其对医方的天然袒护是不可避免的，因此陈＊书非常关键，必须做到有理有据，让鉴定专家无路可退，只能接受。如果陈＊书很粗糙，遗漏医方的过错，或者没有医学依据，专家基本上睁眼闭眼，不会主动纠正的。这类似于法院的不告不理，你告错了，或者没有提到的诉讼请求，法院不会主动裁决的，鉴定专家也一样。因此医疗诉讼中，聘请医学出身的律师非常关键，即使律师是学医的，也需要认真负责、不断学习。因为诉讼中碰到的医学问题往往都是非常棘手、非常专业的，医学律师也不可能什么都懂。
二、医疗鉴定机构在哪里
可以做医疗事故鉴定的部门有：
1、卫生行政部门：卫生行政部门接到医疗机构关于重大医疗过失行为的报告或者医疗事故争议当事人要求处理医疗事故争议的申请后，对需要进行医疗事故技术鉴定的，应当交由负责医疗事故技术鉴定工作的医学会组织鉴定；
2、负责医疗事故技术鉴定工作的医学会组织：医患双方协商解决医疗事故争议，需要进行医疗事故技术鉴定的，由双方当事人共同委托负责医疗事故技术鉴定工作的医学会组织鉴定；
3、地方医学会负责组织：设区的市级地方医学会和省、自治区、直辖市直接管辖的县（市）地方医学会负责组织首次医疗事故技术鉴定工作；省、自治区、直辖市地方医学会负责组织再次鉴定工作；
4、中华医学会：必要时，中华医学会可以组织疑难、复杂并在全国有重大影响的医疗事故争议的技术鉴定工作。
医疗事故鉴定的鉴定部门是医学会。具体是：设区的市级地方医学会和省、自治区、直辖市直接管辖的县（市）地方医学会负责组织首次医疗事故技术鉴定工作。省、自治区、直辖市地方医学会负责组织再次鉴定工作。