1、行为人的犯罪动机和目的不同寻衅滋事罪的动机是寻求精神刺激、逞强好胜、随心所欲毁坏财物等，其目的是为了发泄不满、炫耀实力、扬名等。根据1983年版《现代汉语词典》的解释，“任意”就是“没有拘束、不加限制，爱怎么样就怎么样”的意思。在寻衅滋事的场合，行为人与被害人之间一般是不存在某种前因纠纷与矛盾的。在实践中很多寻衅滋事案件就是由于行为人自认为被害人在说自己的坏话或做了不利于自己的事情更有甚者只是纯粹看不惯别人，行为人往往不分青红皂白地找被害人的茬，随意编造理由，借题发挥，挑起事端。而这些所谓的理由往往都不合情理，被害人往往也不知道自己被行为人伤害的真正原因。故意毁坏财物罪，行为人的心态是以故意毁坏财物、追求他人财物价值贬损为目的。一般来说具有一定原因，或基于对他人的打击报复，或基于嫉妒，或基于其他原因。故意毁坏财物的原因则带有一定的“正当性”或“合理性”，当然无论原因多么正当或合理都是不能用犯罪的方式去解决，只是在一般人看来具有相对正当性或合理性，如果原因力较弱，即社会普遍观点认为“因”不能成为损毁财物的客观理由，应当认定为无事生非，属于寻衅滋事；反之，则可以认定为事出有因，属于故意毁坏财物。
2、行为侵犯的客体不同从两罪的犯罪客体即侵犯的法益上看，寻衅滋事罪侵犯的客体是社会公共秩序，对公共秩序的破坏超过经济损失，因此，《刑法》将寻衅滋事罪归入妨害社会管理秩序罪一章中；而故意损坏财物罪中侵犯的客体是公私财物所有人的所有权，《刑法》将其归入侵犯财产罪一章中。
3、行为侵犯的对象不同寻衅滋事罪的行为人由于不合常理的动机或目的随便毁坏公私财物，其侵犯的对象具有不特定性和模糊性。故意毁坏公私财物罪的行为人一般与被害人存在纠纷、矛盾，其为了泄愤、报复而实施犯罪，犯罪对象具有明确性和特定性，侵害的是特定人所有、保管或使用的财物。犯罪对象的特定性和不特定性，须将行为人的主观认识和犯罪行为联系在一起，而不能脱离后者单纯谈论前者。所谓不特定性就是行为人对犯罪对象的选择带有很大的偶然性和随意性，而不是指行为之时的不特定。如果因为被告人的行为最终指向了特定的某个人或某些物，就认为犯罪对象是特定的，实际上否定了不特定犯罪对象存在的意义和价值。
4、行为场域不同寻衅滋事罪的侵害客体是社会公共秩序，行为场所具有公开性和非特定性。故意毁坏财物罪的行为人无论是亲自动手还是纠集其他人实施犯罪行为，为避免其行为被阻扰，往往都会选择比较隐蔽的场所和不易被发觉的时间段。
5、入罪标准不同两罪在成立犯罪的客观标准上也存在差异。寻衅滋事罪中的“任意损毁公私财物”的情形，“情节严重的”才构成犯罪，而“情节严重”并不仅以毁坏的财物价值大小作为判断标准。《最高人民法院、最高人民检察院关于办理寻衅滋事刑事案件适用法律若干问题的解释》第四条规定，“情节严重”包括任意损毁、占用公私财物价值二千元以上的；任意损毁公私财物，造成恶劣社会影响的；任意损毁精神病人、残疾人、流浪乞讨人员、老年人、孕妇、未成年人的财物，造成恶劣社会影响的；引起他人精神失常、自杀等严重后果的；严重影响他人的工作、生活、生产、经营的；其他情节严重的情形。因此，行为人之行为虽然毁坏了价值较小的公私财物，但如果造成了恶劣社会影响的，也足以成立本罪。但故意毁坏财物的行为是否构成犯罪的关键因素就是看行为人故意毁坏的公私财物是否属于“数额较大或者有其他严重情节”。按浙江省目前规定，包括毁坏公私财物价值5000元以上不满5万元的；毁坏公私财物3次以上的；纠集3人以上公然毁坏公私财物，造成财物损失2000元以上不满2万元的；严重情节的其他情形。