引起扁桃体发炎的主要微生物是病毒，占扁桃体发炎的70%，常见的鼻病毒、冠状病毒、腺病毒、流行性感冒病毒、副流行性感冒病毒、肠病毒等都可引起扁桃体发炎。
细菌感染扁桃体是人体呼吸系统的一个重要免疫组织，可过滤呼吸道的细菌，并产生对应的抗体，若是菌类感染呼吸道，就会导致大量的细菌和分泌物聚集在扁桃体处，引起扁桃体发炎。常见的可引起扁桃体发炎的细菌有链球菌或者葡萄球菌。
急性传染病还有很多的急性传染性疾病也可引起扁桃体过敏，主要是这些传染原在体内增殖过快，扁桃体需分泌大量的抗体，另外，也有可能是这写感染原会直接损伤扁桃体，都会出现扁桃体发炎的症状，常见的急性传染病有：猩红热、白喉、流感、麻疹等。
鼻窦炎并发症鼻窦炎的感染原也比较多，其中病毒和细菌都可能会随着分泌物进入到呼吸道，从而引起扁桃体发炎，在临床上算是鼻窦炎比较常见的并发症之一。
扁桃体发炎很严重吗扁桃体发炎本身是很良性的疾病，不过，问题会出在病原菌本身、感染的严重度和机体抵抗力的强弱。如果这致病菌只是造成扁桃体的局部感染，感染病程过去就没事了。但有的致病菌会有全身性的影响，就可能有较复杂的病程或不好的后遗症，如关节炎、肾炎、心肌炎、心内膜炎等。