1、收到芽苗菜菜品后应第一时间将包装袋去除，存放冰箱时将蔬菜竖着放入，这样使蔬菜的生命力更强，同时要切记，有机蔬菜不宜切开存放，切开后的有机蔬菜营养素会快速流失，还容易氧化，同时增加了微生物入侵的机会，容易造成变质腐烂。
2、蔬菜冷藏需谨慎，一般来说，含糖分多、表皮较硬较厚实的蔬菜如萝卜、洋葱、地瓜、芋头、牛蒡等，不要放入冰箱中，寻找阴凉处存放最佳，根茎类蔬菜如马铃薯，芽苗菜厂家说如果放在冰箱中反而更容易发芽。
3、叶菜类久放，叶菜类有机蔬菜最重要的就是要留住水分，同时又要避免叶片腐烂。可以把厨房纸巾沾湿后将叶菜包裹住，以直立的姿势，茎部朝下放入冰箱保鲜室，可以减缓水分流失，锁住新鲜。
4、储存温度与湿度，芽苗菜技术老师说部分叶菜喜凉，适宜存放在0℃至5℃的环境中，但不能低于0℃。保存芽苗菜有机蔬菜适宜存放的湿度为85%左右。